转眼又到开学季，小刀准备了一款文库产品为大家的科研助助力——大肠杆菌基因敲除文库。
众所周知，大肠杆菌具有取材广泛，分裂增殖能力强、发育周期短及结构简单等特点，已作为一种重要的模式生物在分子遗传学、生物工程领域发挥重要的作用。
大肠杆菌基因敲除文库（OEC）简介：1）由日本科研机构（AdvancedBiosciences,KeioUniversity(Japan),NaraInstituteofScienceandTechnology(Japan)）和普度大学合作研发2）涵盖个基因，每个基因提供2个独立的缺失菌株，共计个克隆3）靶向基因均被卡那霉素抗性盒取代，盒侧翼带有可被FLP重组酶识别并切除的FRT位点4）菌株背景：E.coliK-12BW
文库具体信息：1.背景菌株E.coliK-12BW来源
doi:10./msb
2.文库内基因覆盖度1）研发时共靶向个基因2）个未成功缺失：均为必需基因，包括37个未知功能基因3）个成功缺失：个基因在MG和W均有注释，73个基因在之前的研究中有注释4）K-12ORF缺失：个明确基因，个未知功能基因
doi:10./msb
3.文库整体研发流程——基于λ-Red同源重组系统1）基因敲除引物设计：全长~70nt，20nt部分靶向pKD13卡那霉素抗性框，50nt部分靶向基因序列2）Red重组酶辅助质粒：pKD46，在L-阿拉伯糖作用下，表达γ、β和Exo蛋白，促进同源重组发生3）卡那霉素抗性筛选重组菌4）PCR验证：设计卡那霉素抗性序列引物和位点特异性引物分别进行验证
4.文献应用解析作者使用OEC进行全基因组筛选，发现9个基因敲除大肠杆菌株能够激活线虫的天然免疫。在这9个基因中，blc基因在许多临床病原体中展示了独特的SNP，炎症性肠病中大多数大肠杆菌为blca，而blcg显著减少，从而促进肠道炎症的发生和发展。
作者挑选文库中个和电子传递链、ATP合酶、转运体相关的基因缺失株进行筛选，最终得到7个氧化还原酶相关的基因缺失株在经TDZ处理后，细胞膜的通透性会大大降低。后续他们又在E.coliMG中分别缺失这7个基因进行验证，结果证明吩噻嗪类药物确实是会抑制细胞能量代谢，影响细胞膜完整性。
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