器质性的便秘指的是肠道，胃肠道有一些占位或者其他病变，尤其是肠道结构性的改变，导致了便秘。
器质性的便秘，包括结肠直肠肿瘤梗阻导致的便秘排便不畅。也包括患者可能做了肠道手术，导致结肠直肠结构出现了改变而引起的便秘。
另外还有一些肠结核，炎症性肠病等也有可能会导致器质性的便秘。
临床上说的便秘，大部分指的是功能性的便秘。主要指的是患者肠道蠕动功能本身出现了异常而没有有器质性的病变，比如肠结核，比如结肠肿瘤。这些功能性的便秘一般可以通便药物疗效比较理想。