组成人体的并不只有我们自己，还有微生物，尤其是细菌。
我们体内细菌的数量可能是我们体细胞数量的十倍，我们身体里蕴藏着好几个相互关联的生态系统。今天我们拉出一个典型——幽门螺旋杆菌
细菌、病毒在食物上必然存在，患者的飞沫当然也会出现在流通的食物上，但起作用会感染的只有吸入肺部的病毒。我们吃下去的细菌、病毒肯定比从空气中吸入得多得多，但是就我们的日常见闻来看，肺部、咽喉、口腔组成的呼吸道却比肠胃组成的消化道更容易被细菌、病毒感染。
即使现有的直肠感染，多数是因为公厕卫生问题导致的粪口传播引起的，进食饮水导致的传染性的病毒、细菌感染相对而言很少，除了霍乱，几乎没听过肠胃炎大流行的情况，原因就在于我们胃里最强大的生物屏障，胃酸。
成年人胃里产生的胃酸和现在电动汽车磷酸铁锂电池的酸度相当，胃酸主要由盐酸构成，ph值在1.5到3.5之间，大部分病原体的蛋白质都会被胃酸分解为肽，蛋白质被瓦解的细菌病毒当然就死了，尸体进入小肠被分解为氨基酸，被人体吸收。
当看到闻到，甚至想到食物时候，胃酸分泌就会增加，十二指肠会分泌碳酸氢钠中和胃酸，防止胃酸流入肠道，破坏肠壁，毁灭肠道菌群。多数吃出来的病是因为吃得不健康，或者吃了化学毒素造成的细菌、病毒的感染在消化道不常见。
霍乱的肆虐也和胃酸不足有关，所以在十八世纪，经历了前前后后许许多多争论和实验，科学家对胃酸的研究逐渐成熟。
由于胃酸的存在，胃被认为是人体的地狱，几乎所有有机物都会被胃内的强酸溶解。如果胃壁破损，胃液流出，就会严重损害人体的所有器官。当细菌在人体的很多部位被发现之后，医学界认为我们的胃是一个绝对的无菌环境，没有细菌可以在这种环境里生存。
那就有一个问题了，既然胃液如此可怕，我们的胃同样是有机物构成的，那么胃液为什么没有把胃也消化了，这也是初期科学家质疑胃酸存在的原因之一。
第二个问题，既然胃酸能杀死一切进入胃的微生物。那人类的胃部疾病及胃炎、胃溃疡等是什么引发的？
这些胃部疾病引发的剧痛和消化不良一直折磨着人类。古代人们就知道胃溃疡会引发胃出血、胃穿孔，这些直接可以把人送走。
首先第一个问题，胃液为什么没有把胃给消化了？这个问题在解剖学发展后，很快得以解决。
人的新陈代谢需要与外界环境做物质交换，而我们的整个消化道，从口腔到肛门，在医学和生物学看来，都是相对于我们身体的外环境。我们的食管、胃、十二指肠、小肠、大肠、肛管，相当于都是直接暴露在外环境里。
为了抵御外环境的直接损伤，整个消化道被一层粘膜包裹，这是消化道细胞分泌了一层脂蛋白，滑腻。
尤其胃部的粘膜更为厚实复杂，有整整一毫米厚，这层粘膜的酸有完全的隔绝作用。所以说我们的胃没有被胃液消化，是这层粘膜的功能。
对粘膜有清晰的认识之后，第二个问题在当时的学界看来似乎也有了解决方向。为什么会有各种胃病？就是因为这层粘膜可能不够稳定，也许会受到一些其他因素的影响导致缺失，那么胃液就会接触到胃壁细胞导致破损，引发胃炎，接下来导致胃溃疡以及一系列问题。
如此看来，胃部疾病的罪魁祸首就是胃酸，这也和古代人们喝碱性牛奶可以缓解症状相一致。但这只能算是猜测，因为没有任何通过抑制胃酸彻底治愈严重胃病的案例。
十九世纪后半叶，是列强向古老东方帝国发动贸易战争的时代，但也是西方科学家开始用显微镜对比观察正常人与病人组织细胞的时候，这也是病理医学的开始，科学家对胃部的观察。就开始了。
有记载的年、年、年，均有科学家在动物移人类尸体的胃部标本里发现了长条状的细菌，但因为无法在体外成功分离培养这种细菌，所以被忽略。毕竟尸体标本可能被污染，活人胃里不可能有细菌是医学界和生物界的共识。
但是在二十世纪上半叶，在它经历两次世界大战的过程中。微生物学也被重视起来，并发展迅速，越来越多的细菌在胃里被发现。舆论产生，胃部竟然有这样能耐弱强酸的幽灵。但科学求证的严谨精神在那时已经深入人心，仅仅将标本从活体中取出的过程，就可能已经沾上了空气中的细菌，因为这个问题导致的错误报告已经层出不穷了。
还有这种细菌被发现的时候都是死的，分离培养从来没有成功过，也就无法进行下一步的研究，所以胃部细菌的发现都被主流科学家视为无稽之谈。以至于教科书还是坚定地写着：胃部是无菌环境。
转机在胃部成分的研究中出现。年，剑桥大学的学者就发现了，胃液中的氨浓度居然比动脉中的高出了五十到一百倍。这个问题过于明显，于是科学家们开始寻找胃部氨产生的原因。
初中化学我们就学过，氨极易溶于水，与水电离产生氨离子和碱离子，这样就能中和胃液中的盐酸，使胃酸减弱。在当时医学的认识里，减弱胃酸是治疗胃部疾病的方法。那么这里就有了研究价值。
很快，科学家把胃部标本磨成粉进行检测之后，靠近胃部下端的幽门处检测出了尿素酶。尿素是身体代谢产生的废物，尿素酶可以将尿素分解成氨和二氧化碳。有了这样的知识之后，医学界也通过增加尿素摄入的方式，让胃里产生更多的氨来中和胃酸，治疗胃病。
尿素和尿素酶也被认为是人类自主调节胃酸的系统，激活这一系统就能治疗胃病。
但是新问题又来了，这个胃里的尿素酶是怎么来的？没有发现任何腺体能分泌尿素酶，胃壁细胞也不具有这样的功能，人体的其他地方也不该有这种东西，因为氨进入人体的内环境就是毒气。还有症状减轻的患者很快病情复发且更严重。
对此，有人又提出了胃部细菌的假说。
各种胃病一直是人类无法根治的难缠慢性病，质疑的出现，标志着之前的理论多少是有问题的，这个问题会引导之后的科学家继续钻研。
为什么一定要分离培养细菌进行研究才算数呢？观察到胃里有细菌，还不能证明它存在吗？在微生物被发现以后，人们也逐渐发现了微生物与许多疾病的关系。但这个关系很微妙，在一个被感染的患者或者植物牲畜体内有许多种微生物。也说不清楚造成疾病的是哪位。因果关系的建立是需要严谨的证据的，否则非常害人。
比如古代科学精神欠佳，一直有放血可以治疗疾病的说法，只是因为放血过后一些人恰好疾病痊愈。于是那些欧洲的江湖郎中就开始强行拉关系，医生说有效果，但效果不保证，结果很多人放血放死了，医生可以说他本来就要死，这就是无法证伪啊，和说上帝存在但他不让你看到一样，只因为患者发病部位发现某种细菌，就说二者有关系，这当然也不对，你得提供证伪的方法然后再验证。
所以年，伟大的德国细菌学家、细菌学的始祖之一科赫，在发现并证明结核杆菌与肺结核病的关系之后，提出了一套证明细菌与疾病有关的标准科赫法则。
一、病体患病部位经常可以找到大量的病原体，而在健康活体中，这种病原体很少或者找不到。
二、病原菌可被分离，并在培养基中进行培养生长形成菌斑，并能记录各项生命特征，这样就能证明这是一种细菌，而不是什么毒素杂质。
三、纯粹培养的病原菌要被接种至与病体相同品种的健康受体内，并产生与病体相同的病症。
四、从接种的病体上以相同的分离方法，还能再分离出病原体，且其特征与原病猪完全相同。
当然，人体疾病肯定不能找健康的人做受体，一般由实验用动物代替。虽然科赫法则以现在的眼光看有一定的局限性，但在十九世纪和二十世纪被视为金科玉律，研究致病细菌时必须遵循。
科赫
我们现在知道他们要找到幽门螺杆菌是微需氧菌，对氧气的浓度要求很苛刻，所以在胃粘膜之外的普通培养基上难以存活。但是整个胃病研究领域就被这一个法则阻碍了发现，保守派还是坚持胃酸平衡。相关的医药公司也在开发这种针对胃酸的缓解胃病的药物，用这一不能根治的疾病不断获取巨大的利润。
直到一九八四年，一个愣头青医生巴里马歇尔的出现，用几乎自残的实验方法，短时间内改变了所有人的认知。
巴里马歇尔生活在澳大利亚一个偏僻的小城里，作为医生的职业生涯之初，就显示出了一股奇怪的癖好：用自己做医学实验。他后来在自己的生平中说到一次早期的研究经历，就是在写关于中暑的调查报告时，为了能更直接的测试人体在运动时的温度，他自己设计了一个体温计。当他告诉大家这个体温计是要塞进直肠里测温的时候，所有受试者都表示拒绝。
巴里马歇尔
于是他又拉上不幸和他关系好的同事，成为这个体温计的头两个使用者。塞进去以后，在医院的楼梯间跑上跑下一下午，直到让自己和同事中暑取出体温计得到提升。数值为四十度，以此完成了他的报告。
这个发明后来被用到马拉松运动员晕倒后的测温治疗当中。
年，医院的实习医生被调到消化内科轮值。本来是当作例行公事轮值，因为他当时更感兴趣的是风湿病科，但是领班医生罗宾沃伦却给他一个课题吸引了他的注意。
当时胃镜活检技术刚刚出现，罗宾沃伦在活体胃粘膜组织上发现了细菌，用最新的染色方法看清了这是一种弯曲的螺旋状细菌。
得知沃伦的发现，马歇尔感觉到这直接挑战了当时权威的胃部无菌论，大多数医生都是坚信这一点的，大多数消化科医生都以此为理论基础，参与到相关药物的研发当中，对胃部细菌的研究主观上都是排斥的。
这个罗宾沃伦医生也是典型的理工纯直男，会质疑、会研究，但不会表达，语速太快，一些跳跃性大，医院的同事没人与他合作。而这个马歇尔作为一个初出茅庐，没有利益牵扯到非消化科医生对此结论就很兴奋了，年轻人都想搞个大新闻。
罗宾沃伦医生
于是两人开始合作，他们在更多的胃病患者的胃黏膜处发现了这种细菌，甚至在临近胃部的十二指肠里也找到了。紧接着，马歇尔在相关的文献中看到了有医生在用抗生素治疗肺部细菌感染时，同一患者的胃炎居然也被根治的特例。
鉴于当时人们对细菌的偏见，马歇尔很想尝试证明胃部疾病，甚至十二指肠溃疡等疾病是否与这种弯曲的螺旋状细菌有关。
但是科赫法则立刻横在了他们面前，幽门螺杆精微需氧的性质是后来才知道的，高中生物天天背的牛肉膏蛋白质培养基根本养不活它。
接下来，从年八月到年三月，整整六个月，马歇尔一直在各种培养基上尝试培养这种细菌，但一直没有成功。之前想研究这一细菌的科学家就在这一阶段放弃了，但是马歇尔一直在坚持。
因为他这个年轻人有耐性、有恒心吗？当然不是，因为轮值的医生本来就没有多少工作，没有其他想做的事情，但总得做点啥，不然摸鱼就太明显了。于是就做这个简单重复的工作消磨时间。之前那些繁忙的主治医师当然不会有这个闲心去等。
而且还有一个事情让他坚定了信心，在他培养细菌时，他轮值的部门也迎来了一位愿意让他尝试抗生素治疗的胃炎患者。毕竟有还未验证的结论作为治疗依据，违背了医学伦理，本来是不会得到批准的，但他就这么做了。
结果是这位被慢性腹痛困扰多年的患者，真的在两周后彻底痊愈了。虽然不能直接证明二者之间的关系，但这个结果绝对给马歇尔带来了强大的动力，去坚持复读机般培养细菌的工作。
抗生素能杀灭细菌，最主要的原理是瓦解细菌的细胞壁，让细菌并自行涨破。由于动物细胞没有细胞壁，所以抗生素在动物体内只杀细菌。
历史上多次致命细菌的突然爆发都险些与人类同归于尽，人们对这种根本看不见的致命杀手一直束手无策。一个巴掌大的创伤，即使没有伤及组织器官，但是因为环境中细菌的存在，也就给人类判死刑了。抗生素出现以后，被细菌折磨几十万年的人类突然有了这个终极武器去反击细菌，以青霉素为首的抗生素一直被认为是20世纪最大的发现。
终于在年四月十三日，幽门螺杆菌真的被成功分离出来，培养成功了。要说也完全是马歇尔的运气。
四月八日，他对一例十二指肠溃疡患者取样之后，把粘膜样片经过生理盐水处理，放入已经试验过几次的脑心侵液血培养机里，然后交给培养员放入孵化箱里。在培养过后四十八小时，没有长出菌斑的培养基就会被倒掉。
但是不同的情况是，第二天是复活节假日，病人特别多，医院人手不够，实验室值班员直接把这事儿给忘了。这个培养皿在孵化箱里培养了整整五天，当他终于被值班员想起来要被处理掉的时候，发现上面真的长出了菌斑，这说明啊多放假就有好事。
马歇尔观察后发现，这就是他们要找的细菌，培养条件和培养时间，就这么被试出来了。
在这之后，马歇尔和沃伦又从一百多例不同胃病患者胃黏膜里提取并成功培养出了他们要找到螺旋状细菌，同时用健康胃黏膜样品作为对照组，通过大量单盲实验，证明了胃炎、胃溃疡、十二指肠溃疡都与这一单一细菌相关。
随后更多的研究资源开始向这里倾斜，医院的电子显微镜第一次呈现了幽门螺杆菌的样貌，整体成像杆状，有明显的螺旋结构，还有很多辅助运动的鞭毛。
马歇尔认为就是这样特殊的螺旋状形态和鞭毛让他可以像螺丝一样钻进胃粘膜感染胃壁细胞，而且在新培养的培养基上也检测到了相当浓度的尿素酶，可见幽门螺杆菌就是通过合成尿素酶产生氨来中和身体周围的强酸，从而在胃酸中生存。
与胃下端幽门连接的十二指肠会产生碳酸氢钠中和胃酸，所以胃部底部酸性偏弱，细菌在这里也更多，幽门螺旋杆菌由此得名。
整理了充足的数据、病历、实验结果之后，马歇医院协会上做了初步报告，阐述了幽门螺杆菌与胃炎、十二指肠溃疡和胃溃疡的关系。以为自己要引起轰动了，但是得到的反馈却是不屑质疑，总体上是负面的。他觉得可能因为这个是小地方，不好接受颠覆性思想。
医院消化研究医师的职位之后，年十月，马歇尔撰写了自己的论文，也是经历了相当大的阻力之后，论文在《柳叶刀》上发表了，但是发表之后他也没有得到多少